முல்லைப்பெரியாறு அணை விவகாரத்தில் கேரள அரசு பள்ளிக் குழந்தையை போல நடந்து கொள்வதாக உச்ச நீதிமன்றம் விமர்சித்து உள்ளது. முல்லைப்பெரியாறு அணை தொடர்பான மூல வழக்கு உச்ச நீதிமன்றத்தில் நிலுவையில் உள்ளது. இது தவிர அணையின் நீர்மட்டத்தை குறைக்க வேண்டும்,
அணை தொடர்பான வழக்குகளில் மத்திய அரசையும் எதிர்மனுதாரராக இணைக்க வேண்டும் என்பது உள்ளிட்ட பல்வேறு மனுக்கள் தாக்கல் செய்யப்பட்டு அவையும் நிலுவையில் உள்ளன.
முல்லைப் பெரியாறு ஆணையை பராமரிக்க செல்லும் தமிழக அதிகாரிகளுக்கு கேரள அரசு முட்டுக்கட்டை போடுவதாகவும், அணையின் பராமரிப்புக்கு தேவையான சில மரங்களை வெட்டுவதற்கு தடையாக இருப்பதாகவும், இந்த விவகாரத்தில் உரிய உத்தரவுகளை பிறப்பிக்க கோரி உச்ச நீதிமன்றத்தில் தமிழக அரசு மனு தாக்கல் செய்தது.